Nach der Ausbildung zur Pharmazeutisch-kaufmännischen Angestellten und Pharmazeutisch-technischen Assistentin arbeitete Franziska Bauherr bis 2012 zunächst in einer öffentlichen Apotheke. Nach der zweiten Elternzeit studierte sie Gesundheitsförderung und -management (B.A.) an der Fachhochschule Magdeburg-Stendal und anschließend Sozialwissenschaften (M.A.) an der Otto von Guericke Universität Magdeburg. Nach dem Abschluss arbeitete sie für die Diakonie Katastrophenhilfe bevor sie 2020 in das Ministerium für Arbeit, Soziales, Gesundheit und Gleichstellung des Landes Sachsen-Anhalt wechselte.
Seit 2023 ist sie Referentin im Bereich Stationäre medizinische Versorgung – Krankenhaus. Ihre Tätigkeitsschwerpunkte liegen im Bereich Investitionsförderung, Krankenhausstatistik und Haushaltsangelegenheiten.